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原料不同

植物胶囊的主要原料是药用羟丙基甲基纤维素（HPMA），是自然界最丰富的天然聚合物，是从海洋或陆地植物以物理方法提取；明胶胶囊是药用明胶，来源于动物（主要是猪、牛、羊）的皮、筋、骨骼中的胶原蛋白经化学方法提取。  

稳定性不同

植物胶囊中的HPMC性质稳定(不和空气、水发生化学反应)，也不会和有些药物发生交联反应，适应性广，释药速度稳定，溶出彻底、疗效更显著、个体差异小。HPMC制成囊壳后仍具有天然概念，生产过程不需添加任何防腐剂；明胶胶囊易滋生繁殖菌和微生物，生产过程需添加防腐剂，（导致尼泊金类防腐剂残留以及环氧乙醇、氯乙醇残留等）。 

储存条件不同

植物胶囊低湿条件不脆碎，高湿条件仍可保持囊壳稳定，储存条件宽泛，在温度10 - 40℃之间,湿度在35 - 65%之间,均不会软化变形或硬化变脆。明胶胶囊低湿条件失水硬化，高湿条件胶囊粘连，储运条件相对严格苛刻。HPMC具有代谢惰性，在体内不被吸收，直接排除体外，植物胶囊不易生长微生物，长时间放置不会分解变质，通常的有效期为36个月。

点燃后味道不同

植物胶囊的鉴别也非常简单，将胶囊壳点燃，植物胶囊会有燃烧棉花的味道，明胶胶囊则是燃烧蛋白质的味道（类似燃烧头发的味道）。

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